Le raccolte, attualmente custodite nei depositi della basilica, sono costituite dalla collezione di reperti archeologici (VI-IV secolo a.C.) donata al Santuario da Filippo Prencipe, da ex voto pittorici e anatomici e da oggetti che, in vario modo, testimoniano la devozione a San Michele: statue di santi e madonne sotto campana, vasi, targhe, piatti, manufatti di diverso tipo con la raffigurazione del Santo; reliquiari; statue di san Michele in pietra, alabastro, legno, gesso, bronzo; statue in cuoio raffiguranti pellegrini realizzate dall'artigiano locale Domenico Palena; paramenti, stendardi e arredi liturgici; ceramiche di fabbricazione meridionale, provenienti forse da un'antica spezieria monastica; dipinti dietro vetro, ceri votivi e lR17;icona di rame ritrovata, nel 1981, nella cava delle pietre.